Efectivamente veo que Premiere con QUIT-TIME, que son los ficheros MOV., está un poco escaso de configuraciones, al menos yo tampoco veo nada, en el MAC que tengo el CS5 sí que veo que tiene muchas más opciones pero no muchas más.
Por lo tanto mi sugerencia es que exporte en MPEG-2 y juegues con el BIT_RATE, yo tengo la Canon Eos 60D y como tú dices no termino de verlos bien del todo, me gustan más los resultados de la Lumix FZ200 que filma en AVCHD y en MP4 y es una cámara que cuesta la cuarta parte que la Canon.
He probado una opción antes de contestarte con un fichero de la EOS y no me disgusta.
FORMADO – H-264
AJUSTE HDTV 720P 25 o 29,97 según proceda
LA VELOCIDAD DE BIT   destino  15,07
                                          Máxima  20

Si esto fuera a 1080P 25 (que es como yo lo he hecho), verías que los ratios se asemejan mucho a los que filma la cámara, o sea
Destino  32   y Máxima 40 esto ya los pone por defecto.

 Estas cámaras como la mayoría, comprimen en VBR (Variable Bit Rate) y ese dato que te indica el la tasa máxima, ya lo dice VARIABLE, si fuese continuo (CBR)  necesitaría mucha memoria para almacenar los datos por lo tanto dependiendo el movimiento y que tomas varia bastante el flujo de compresión.


Que puedes hacer para que se asemeje lo más parecido a lo que grabaste, pues simplemente exportarlo  lo más parecido a tus tomas.

En tu caso sería:
MOV – Progresivo – 25 Fps – Y el ratio yo creo que con lo que te pase es más que suficiente.
Ahora viene otro problema, es el comportamiento del Códec  en MOV...
Intenta exportarlo a  MPEG-2  - HDTV 1080p – con los mismo parámetros haber que pasa MPGE-2  se comporta muy bien en WINDOWS todo lo contrario que MOV que es mas de MAC.

También el H264 (MP4) tiene un buen comportamiento, intenta con un trocito de Clip hasta que des con la mayor calidad.

Por supuesto que estos bit-rate son a 1080p  a 720p son menores, pero de todas las meneras analiza un fichero de los que has grabado con la cámara y veras lo que te dice.

CODIFICACION VELOCIDAD: VBR,2 pases
VELOCIDAD MINIMA: 4
VELOCIDAD DESTINI: 10
VELOCIDAD MAXIMA: 18,5


Mira el bit rate a que graba tu camara, y esto es lo que dices tu a el bit-rate que exportas.
Tu camara graba mas menos a un bit-rate de 45 y ya lo estas limitando a 18,5

Veras que es una burrada de bit rate a lo que graba tu cámara, pues siguele con lo que hace y veras lo que te queda.
CODIFICACION: VBR, 2 pase
VELOCIDAD MINIMA         20
VELOCIDAD DE DESTINO 35
VELOCIDAD MAXIMA        45

Son un burrada de bit rate, puesto que un Blu-ray no llega a estos parametros, pero para reducir hay tiempo.

 Ya creía que este post ya había terminado:
No os lieis más el tarro, la cámara puede filmar dependiendo que cámara de muchas maneras, el Estándar (Zona Pal) seria 25 Fts, pero pueden filmar a 30 Fts a 50 Fts. a 60Fts, a 250 Fts e incluso súper cámaras  a más, pero ya está,  xx Fotogramas por segundo.
Hora pensar que el obturador es otra cosa diferente y dependiendo que cantidad de Fotogramas y dependiendo QUE queramos filmar optaremos por una velocidad de obturación u otra, pero la norma indica que la velocidad de obturación siempre tiene que ser el doble de los Fotogramas por segundo, para una filmación normal.
Esa es la norma, pero como las normas están para saltárselas ahora probaremos que hace si obturamos a más del doble de los Fts. Pues probad y veréis los resultados, a menos de la norma casi siempre es desastroso.

Tu Sony es cámara de video solo,. es que no la conozco, puede que tenga la opción se sacar frame a frame, esntonces si, se comportarioa como una cámara de fotos

No te lo pienses, una cámara varatita y te quitas de problemas.

 Si obturaras a 1/3 como dices, haría lo mismo que si obturaras a 1/25, pues el tiempo que esta el fotograma listo para recibir luz sería de 1/25,  de hecho las cámaras de video (no las de fotos que hacen video) no te permiten bajar la velocidad de obturación por debajo del frame rate

 Es una cosa extrañísima, un fichero de video o se ve o no se ve, no es un jamón que con el tiempo pueda estropearse.
Mírate tu ordenador no tengas algún virus que te esté haciendo la pascua y no te hayas dado cuenta yo al menos no veo otra solución posible.

 Haber Manuel:
Veo que el concepto diafragma, velocidad de obturación lo tienes claro en fotografía.
Para el video es lo mismo solo que disparamos muchas fotos seguidas, tantas como 25  50 por cada segundo, o sea no tiene nada que ver la velocidad de obturación con los fotogramas por segundo.
Un Ejemplo:
Con unos datos de filmación 1080 25p Tú quieres filmar una carrera de coches (movimiento muy rápido) una obturación correcta seria 1/100 quiere decir que cada fotograma estará expuesto a la entrada de luz 1 centésima de segundo o dicho de otra forma la cuarta parte del tiempo que esta el fotograma esperando le entre luz
Mismo caso pero ahora a 1080 50p (CINCUENTA FOTOGRAMAS POR SEGUNDO) para que se den las mismas condiciones de exposición que el caso anterior tendrías que poner una velocidad de obturación de 1/200.
Qué diferencias hay entre el primer ejemplo con el segundo, pues nada más es la fluidez de movimiento en uno vas a ver 25 imágenes en un segundo y en el otro 50

No dudes en preguntar, pues este tema es una de las asignaturas pendientes de muchos videografos.

 Se me olvido comentarte:
Los 30 o 60 fotogramas, sería la norma americana, por la frecuencia de la red eléctrica que es 60 Hercios.
Los 25 o 50 fotogramas es la norma Europea de la misma forma por la frecuencia de la red que es 50 Hercios.
Ya Deduces que dependiendo de la norma obturarías de una distinta forma en unos seria 1/50 y lo mismo en el otro formato seria 1/60

 A ver si te puedo responder:
Porque a 1/50 en vez de 1/25
No se si abras visto algún proyector de Cine como funciona, pues lo hace de la siguiente forma, tiene un disco circular que está abierto la mitad o sea una media luna, cuando se desplaza la película coincide la parte que está cerrada, ya está la película quieta y es cuando pilla la apertura, por eso se llama obturación de 180º .
Porque se obtura normalmente a el doble de los fotogramas o sea 1/50 pues justamente nace de esta teoría mecánica, de lo que también deduciremos que si obturamos a mayor velocidad porque así lo pidan los planos han de ser necesariamente múltiplos de 1/50... 1/75....1/100...1/125 más de esto yo creo sería una atrocidad.
El 1080i 50 o sea fotogramas entrelazados, no es que la cámara filme a 50 fotogramas es que cada fotograma lo graba de dos pasadas que se llaman campos pero siguen siendo 25 Fotogramas, por lo tanto obturaremos 1/50
Y el 1080 50p, pues esto si son 50 fotogramas reales y por lo tanto la obturación será de 1/100
SIEMPRE EL DOBLE DE LOS FOTOGRAMAS son tópicos un tanto difíciles de entender cuando bienes de la fotografía, simplemente piensa que el video son 25 fotos por segundo, pero tienen que entenderse  las fotos para que no se produzca el efecto estrobo, o sea si tú haces una parada de un video que tenga un cierto movimiento  y NO VES una parte del fotograma algo movida, ojo al dato que estas obturando mal.

 Mañana por la tarde le meteré el diente a este trasto, veo que no comentas la posibilidad de formatearlo  en ExFAT desde Windows 7  y según he leído parece que si se puede
A Principio de la semana entrante, comentare resultados, tiempo que se puede grabar en los distintos modos, duración aproximada de la batería  etc. etc.

Lo de REA un ADITOR, es cosa de los superteclados, que no sale la letra y leugo la pones donde no es
No me digais que no llegasteis a conocer ese super editor de video
Luego salio las versión V.2 que en vez de tijera se utilizaba una pequeña guillotina.
Pero hombre... si eso era la CREM de la CREM

Yo tenia un editor de Video que eran unas tijeras y un rollo de Cello, lo mas profesional que he visto...
Lo que pasa es que le entro un virus y casco..
Eso si que rea un aditor PRO