No te desesperes, pues el audio que graban la mayoria de las videocamaras incluidas la de alto coste, deja mucho que desear.
Esta es tu solución una grabadora externa:
http://www.zoom.co.jp/english/products/h1/

MENOS DE 100,-€, el unico inconveniente si no eres muy experto es que tendras que sincronizar lo grabado en la grabadora externa con el audio que ha grabado la cámara.

Manda un ejemplo que lo escuchemos y podamos opinar.

 El problema según veo casi con toda seguridad te lo ha dado la tarjeta, no sé si será tipo 10 de lo contrario, ponla una de tipo 10 y que sea de una marca conocida.
Programas que hagan lo que quieres, no creo los haya, al menos yo no los conozco, ten en cuenta que el programa no va a entender  si has sido tú el que quiera hacer eso en el video o ha sido problema de la cámara, así que creo te va a tocar hacerlo a mano.
Lamento no poder darte otra solución, a ver si algún colega conoce algo, aunque lo dudo y te da otra solución.
El tema del tipo de tarjeta muchas veces no lo damos mucha importancia ponemos una de tropecientos gigas y no prestamos  atención a la velocidad de escritura de la tarjeta y es el corazón de nuestro trabajo.
Suerte y que te sea leve, pues al menos tienes material para recuperar.

 UNA REFLEXION:
Muchas veces todos estos automatismos lo único que causan son problemas cuando el hacerlo de una manera más profesional es muchísimo más fácil de hacer.
Hacemos un montaje XXX, PRIMERO. Trata de hacerlo a la máxima calidad que puedas y lo exportas de la misma forma, ¿Qué ocurre? , pues que vas a tener un fichero de tropecientos Gigas, pero vas a tener un video de verdad.
¿Y ahora qué hago con él?, pues depende que es lo que tú quieras, hacer un DVD o un Bluray o un AVHD, o más fácil pasarlo a un pincho y verlo directamente en  el televisor TFT con entrada USB.
CONCLUSION. Como veréis haciéndolo de este modo te da posibilidades inmensas y no recargamos al ordenador de procesos innecesarios, pues te permite hacer la edición con un programa y la Autoría a DVD, BLURAY, AVCHD con otro programa distinto.

QUIRELAISON.....

 Joelcg, no te entiendo que quieres decir lo de grabar un evento en vivo y no te funciona, me supongo que quieres decir que suena como demasiado frio como si fuese  un disco, pero claro amigo mío, tu ten material de buena calidad que para estropearlo (en el buen sentido de la palabra) tendrás tiempo, me explico mejor:
Tu grabas el audio de un grupo con toda la calidad del mundo, pero a la vez tienes otra pista que ha grabado la cámara u otro micro con todo el ruido ambiente (EL EJEMPLO DE XARQUS), pues ya lo tienes, las mezclas  y pones los pitidos, aplausos, el público cuando canta la canción etc. etc.
Como te imaginas que hacemos esas grabaciones QUE LLAMAMOS EN VIVO.

ISO y NRG es lo mismo, solamente que NRG solamente te lo entendera NERO e ISO te la pueden entender mas programas como te esplica Maikel pero es tan simple como cambiar la extensión y punto, este ultimo proceso es el mas facil de entender, me alegro que salieses con el empleo...

Depende que Canon Eos y que Panasonic Lumix.
Yo te pueda poner mi caso:
Yo tengo la Canon Eos 60D (1.200,-€ me costo) y la Panasonic Lumix FZ200 (400,-€), pues bien para EXTERIORES no he vuelto a coger la Canon, te he puesto en mayusculas EXTERIORES, pues en interiores ya es otra cosa.

 Ok, XarquS, yo tengo varios amigos que hacen documentales y solo los he dado un consejo:
Pon tu documental y cierras los ojos, solo escucha el audio y luego me dices que transmite.
Ahora pon CUARTO MILENIO, "alguna parte documental" y haces la misma prueba y me dices que transmite.
Pero yo creo que es difícil de introducir el efecto audio agente que la imagen ha sido todo para ellos.

Perfectamente, ya veo que pillas los conceptos.
Para quemar la ISO en un DVD, como ya veo que tienes Nero pues ya lo tienes es el NERO BURNIG RUM ( o algo así se llama ), seleccionas DVD ROM y desde la línea que pone ARCHIVO - EDICION - ETC. en GRABADOR pulsas en GRABAR IMAGEN, la localizas en la carpeta que se encuentre y punto final, a hacer las copias que quieras.

Para ver la ISO desde el Windows media Clasic yo las veo perfectamente, solamente que con los menus tendras algun problema para verlos, pero vamos en la Previa del nero si puedes ver como quedan antes de grabar.

Escelente ejemplo, mas alto de puede decir, pero mas claro no.
Yo nunca me canso de decir, que el sonido es la asignatura pendiente de la mayoria de los videografos.

 A ver si te aclaro los conceptos:
Una cosa es el master, que puede ser HD o SD y otra cosa es la autoría que que es el formato en que queda plasmado en un formato físico DVD o BLURAY.
Bien partiendo de que ya entiendes que es esto, un fichero en HD 1920x1080 o  1280x720 puedes hacer una autoría bien en BLURAY o en DVD pal, pero un 720x576 solo en DVD pal.
Ahora bien cuando tú ves la información de un video, por ejemplo en YouTube, siempre se refiere a la información de la vertical, cuando te dice que es te 720p quiere decirte que es de 1280x720 y si pone 1080p lo mismo es de 1920 x1080.
Si no entiendes esto no pases a lo siguiente pues te liaras.
PROGRAMAS DE AUTORIA.
Todos los programas de autoría tienen una configuración de cómo quieres que te lo haga:
PAL o NTSC,   Fotogramas por segundo en PAL el estándar es 25 y en NTSC es 30
PROGRESIVO o ENTRELAZADO, a su vez en entrelazado veras orden de los campos, en fin todo lo comentado en el anterior post.
Cuando le vas a dar grabar te dirá donde lo quieres, si tienes varias grabadoras elegirás cual y a su vez aparecerá en IMAGEN ISO, esa es la que tienes que marcar y luego te dirá en que carpeta del ordenador lo quieres grabar y el nombre de la carpeta.
Lo que te decía Maikel, es que si lo grabas en Bluray, aparte de tener una grabadora de bluray, necesitas un reproductor de Bluray pero también te comentaba grabar en formato AVCHD (que te lo hace Nero y muy bien) este formato se puede grabar con una grabadora normal y en un DVD normal, solamente que para visualizarlo necesitas un reproductor Bluray.
Vaya lio verdad.... Léelo con tranquilidad y veras como se te despejan muchas dudas

 Te cuento mis experiencias pues como tu bien dices es un caballo de batalla complicado:
Para empezar yo siempre filmo en HD a la máxima calidad que da cada cámara y exporto el master en HD con el códec que grabo nativamente la cámara, mismo bit-rate ( o más bien un poquito más alto, pero no mucho) y siempre en progresivo, a no ser que el trabajo me lo pidan en entrelazado.
¿Por qué no lo exporto directamente a 720x576?, pues muy simple exportándolo a la resolución de lo grabado tengo un master del cual podre utilizar parte de ese video para otras necesidades y además siempre tendré la ocasión de hacer un Bluray o un AVCHD mientras que si lo renderizas a SD ya no podrás, a no ser que conserves las capturas de la cámara y realices una nueva edición.
Yo he hecho infinidad de pruebas y el resultado de hacer una AUTORIA a DVD desde un 1920x1080 o un 720x576 ha sido el mismo, yo no he apreciado ninguna diferencia.
PROGRAMAS DE AUTORIA:  En principio todos han de hacer lo mismo, ...peroooo..., no todos lo hacen igual, para mí los que mejor resultado me han dado han sido:
Para Autorías sin menús espectaculares y un solo idioma, sin ninguna duda ha sino NERO VIDEO.
Para AUTORIA, multilenguaje y con menús más espectaculares DVD ARCHITEC.
Al hacer la Autoría, tienes que tener en cuenta ciertos parámetros:
Exploración PROGRESIVA, un 99% se va a visualizar en dispositivos TFT
El BIT-rate  no pases de 7000, algunos reproductores con un bit-rate mas alto producen atascos.
VBR y dos pasadas, siempre mejora un poquito la calidad.
También te recomiendo grabar en ISO, así puedes visualizarlo antes de proceder a grabar los DVDs y a su vez tienes un archivo para posibles reediciones.
Y eso es todo, espero que mis experiencias te sean útiles.

El MTS en un MPEG-2, si no los pilla cambia la extensión y solucionado.

HDV, es Alta Definicion, SDV es difinicion Standar, si tu cámara lo ha grabado en HDV, entra en el menu reproducción no sea que este mal puesto y este la salida para  SDV, de todas formas el intruducir la cinta te daría un mensaje de que esta cinta no es compatible con el formato grabado, al menos así lo hacen las Sony.

Otra posobilidad es que la salida de la cámara este direccionadaa una conexión externa, HDMI, Componentes, o video compuesto y por ese motivo lo lo veas en el monitor de la cámara.

Mirate un poco el manual que sera quien te aclare todas las dudas.