El Tft es progresivo
con lo que tu animacion va ir siempre "a saltos"
Compruebalo en un monitor convencional de tubo

El resto debería de estar en campos (si quieres una animacion "suave")

Una recomendacion:
Comprueba las animaciones en otros monitores. Ya no por lo del "flikeo" sino tambien por color
margenes, etc...

me temo q no.
Los tft son progresivos
otra cosa: veo que estás renderizando por CUADROS  la opcion fields la tienes en  OFF

O nos das mas datos o no podemos ayudarte
Adjunta un pantallazo de como tienes los setting de salida de video (del render de AE).
A lo mejor entre todos podemos ver lo que falla

Ol Upper y el lower depende del sistma con el que vuelques tu video
Y trabajo en 720x576 pal D1 y el campo dominate es upper.
Si no lo hago en Upper me fickeara mucho mas

Y una vez improtado el video en AE lo interpretas como 16:9 antes de meterlo en la comp??

Hola Rojo
lo del "Toggle Píxel Aspect Ratio Correction"
eso es solo de visualizacion
no le afecta al render

activa el motion blur , aplica un filtro de suavizado (lo tienes en effectos VIDEO) que basicamente es un desenfoque solo en vertical y hazlo en campos; salvo que te interese que sea en progresivo (cuadros)

Y con respecto al blanco: ajusta la foto en photoshop ( o en after pero sumas tiempo de render) de manera que el blanco no sea puro (255,255,255) bajalo a 245 (valores en RGB)
y haz una prueba antes de poner todo el proyecto
Suerte

Ve por partes.
1.- importa el video y antes de crear una comp mira realmente que el AE lo intepreta como Widescreen
2.crea un comp con los settings adecuando.
3. Si has hecho bien el paso dos ... El render te debería salir con el formato de la composicion

Lo del verde de croma usalo solo cuando no tienes otra opcion (en rodaje). Pero es una pena que pudiendo usar el Canal ALFA no lo aproveches. Siempre te quedará mejor y con menos trabajo.
Vale la pena "perder" un poco de tiempo averiguando como va eso del alfa y de los formatos de video.

Suerte

Me temo que no

Las Maskaras de AE son un poco precarias
Tu creas una mascara y es eso, una mascara. Puedes editarla en tiempo, moverla, rotarla etc.. pero es un solo elemento tenga los vertices q tenga
En combustion no. Ti puedes ir a cada vertice y le puedes aplicar un tracker
Con eso y un poco de paciencia consigues lo que estas pidiendo
Para hacer esto en AE ...... dejame pensar ...

Tiene que ser en AE??
Eso lo hace Combustion

NO se con que autoria haces tu dvd. pero ... a lo mejor puedes exportar del AE el audio y el video por separado (mpg2 y wav por ejemplo) y "pegarlo" en la autoría

A mi me funcionó
Suerte

Probaste a escuchar por separado el wav?
En que programa da ese "saltito"?

Cual es el destino final de los proyectos que te fallan?

Nota:
After Effects es un programa de efectos de video. En la mayoría de los casos se supone que procesas solo video y que luegos importas en tu programa de montaje y es ahí donde vuelcas.
Está claro que ahora no es siempre así; e pude hacer efectos para video, video para flash, para DVD ...

No depende especialmente de la version.
Si lo renderizas en Quicktime y en el codec de compresion pones NONE o NINGUNO te deberia dejar poner Video+Alfa
Tienes ques asegurarte que realmente solo renderizas el paltillo y que no tiene fondo
Otra opcion es renderizar primero el video y luego el Alfa

Y la otra ya te lo puso Tentaor TGA's con Alfa

Lo puedes hacer con: combustion AE, premiere, Avid, Razor, etc ....

Lo puedes sacar en mov. pero mira que tengas las salida con Video+Alfa