Supongo q es mas como el ejemplo q te mande

Puedes hacerlo con AE o culaquier otro programa q de deje animar maskaras o crear mattes para hacer la reserva de la persona q quieres colorear.

Hacer esto es mas laborioso q complicado.Seguramente tendras q hacerlo fotograma a fotograma.

Pudes hacerlo con maskaras animadas o/y  con la opcion de paint del AE de todas maneras yo te recomiendo el Combustion, ya q su interface de trabajo es mas comodo para rotoscopia o para pintar mattes. como es tu caso.

Lo q te sugiero es "saques"  en un solo  matte las partes q iran del mismo color.
Y poco a poco tendras todo tu personaje "reservado" . Este es el prodeso mas laborioso
Ya q es donde entra muchos factores.
    Se mueve el plano
    Hay vibraciones en camara
    Pasan objetos delante de tu personaje
   etc...

Lo q necesitas es paciencia

Si lo haces en AE El paint te ayudará bastante asi como el tracker
No hay ninguna herramienta "magica" ni un metodo , es mas bien un poco de todo
todas

Solo son 50 fotogrmas

Una parte del fotograma??? ( a lo Pleasantville)
O una parte del clip??

Tienes el clip original en color?
Te vale hacer un colorado en plan duotono?? si es asi prueba con CCToner.
Se mueve lo q quieres colorear?
.....
Intenta dar mas datos..

Suerte

respondiendote directamente a la pregunta el formato quicktime te permite q un video lleve el "channel Alfa"  en el mismo fichero y q AE
lo importe de manera "natural" (como tu pones)


Pero  lo q necesitas es mas un metodo de como hacer el efecto, mas que una respuesta de valores concretos q tienes q aplicar o que programa o que formato  ya q eso depende de muchos factores.

No todos los cromas se resuelven de la misma manera

Sobre el problema q comentas hay un monton de posibilidades y varias dudas para aclarar antes de responder correctamente.

Pero bueno... simplifiando un poco

Una posibilidad es q el efecto de croma key lo soluciones desde AE y no desde premier.
 Montas la secuencia de croma ( metiendole un efecto q no te suponga render) para tener claro q partes del clip tienen q tener effecto.
Al mismo tiempo seleccionas ( o montas) la parte de fondo q llevaria el croma y todo eso lo importas en AE.
(supongo q todo esto ya lo sabias)

Alli hacer el efecto de incrustacion (con algun pluging q tengas del tipo Zbig, Ultimatte o  algun otro q controles . O sino con los propios de AE, hay varios tutoriales q te pueden servir en creativcow por ejemplo.
De esa manera consigues un matte mucho mejor q lo q te puede dar premier.

Un vez q consigues el matte puedes hacer final en AE o sino exportar el matte (alfa channel) como video ( o como secuencia de imagenes) y luego hacer final en premier.
Eso depende de como sea el trabajo a realizar, q tipo de acabado quieras, etc...

Para una buena integracion es muy importante las correcciones de color q tengas q hacer

Suerte y  .... espero q esto te sirva y no te lie mas.

Evidentemente hay muchas mas maneras de solucionar tu pequeño "problema"

saludos

Los Final Effects son un paquete de plugings q fueron cambiando de "dueño"  a lo largo de estos ultimos años.
Ahora estan de serie en la version 6.5 (al menos en la PRO)

Ahora no estoy en el trabajo y ne acuerdo como se llaman
Se instalan como opcion en el cd original de AE

Si tienes esta version y la opcion pro
Los puedes encontrar en "effects" con la referencia CC...., es decir lo que antes era FEtoner ahora es CCtoner

Un saludo

En el Timeline tienes la opcion de "Parent" , linkar, vincular o como quiras llamarlo

Supongo q ya lo controlas

perdona por mi spanglish

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Saludos

Probaste a crear un solido ( o un null object) hacerlo girar sobre el eje Y . y parentear la camara sobre ese objeto . Lo unico q tienes q hacer es si lo q creaste es una capa nueva es ocultarlo

Espero q te sirva