No me acaba de quedar muy claro que es lo que ocurre con tu material en Ae...
Un problema de perpectiva? Las cartulinas no estan siempre encaradas igual hacia camara? Necesitarias distorsionar la imagen desde los bordes?
Quiza esto te sirva de ayuda: http://aescripts.com/mochaimport/
Requiere de algun pluggin extra...
Suerte!

Como todo tiene sus cosas buenas y sus cosas malas.
Solo puedo decir que si quieres trabajar como montador DEBES conocerlo!!
Suerte!

Dos cosillas:
Si se puede trakear en Ae aunque salgan de plano las cartulinas. Solo hay que grear otro punto de trakeo cuando desaparezca el 1º y asignarlo a un nuevo null que emparentaremos con el primero que hemos creado... y asi sucesivamente...
El problema viene cuando el moviento no es lineal, que varia su perspectiva... Con el traker de Ae esta justita la cosa.
En ese caso, Mocha funciona bien, solo hay que activa la casilla Motion-Perspective.
Suerte!

Las particulas se mueven siguiendo los valores de Velocity y velocity from motion principalmente. Ajustalos!

Varios items:
La partitura la puedes crear con particular, creando una linea fija a partir de un trazado, y animar su nacimiento y velocidad, luego la vas clonando para crear las 5 lineas. Te aconsejo crear una luz como emisor de particulas. Asi le puedes añadir mas sistemas de particulas para decorar su trayectoria.
Como la ruta ya la tienes creada, solo debes hacer que la camara siga al emisor de particula, personalmente emparentaria la camara a un null object y haria que este siguiera al emisor, asi podria mover la camara sin perder la ruta!!
Mas o menos es esto, luego ya puedes ir añadiendo los elementos que quieras.
Ten en cuenta que con el null object, podras saber donde colocar tus elementos gráficos, solo tendras que fijarte en la posicion del null.
Suerte!

Existen unas cuantas animaciones de letras en 'ajustes prestablecidos'-'caracter'
Puedes combinarlos para llegar al efecto que buscas...
También puedes entretenerte a estudiar su funcionamiento para crear tus propias animaciones...
Suerte!

Una vez seleccionas la región que quieres conservar, debes recortarla!
Esto se hace en Composición-Recortar segun region de interes.
El resultado es una composicion de tamaño más pequeño...
Suerte!

También puedes añadir a la animación el principio de contraer y estirar. Se trata de subir la escala total de 100 a 120 y luego 100(en Y), pero además haces mas estrecho el objeto(pasas la escala de X de 80 a 120 cuando acaba el movimiento y luego pasas a 100 en reposo)
Quizas los valores no se corresponden a tus necesidades, pero el efecto dramatiza tu animación y le da un aire más organico al resultado.
Suerte!

Ahi va el link:
http://greyscalegorilla.com/blog/2009/05/after-effects-tutorial-pixel-perfect-camera-move-transitions/

Ahora viene otro rollo:
Creo que la tecnica que estas utilizando de copiar los parametros de la capa a la camara nunca funcionara... Sí lo haria si hicieras lo mismo con otra capa plana,como ya comentabas, al copiar los valores de Posicion, Orientacion y punto de Anclaje, pero ten en cuenta que el punto de anclaje de la camara no esta en la misma z que su posicion, y en el momento en que tenemos una orientacion diferente a 0, empiezan los problemas...(Esa maldita trigonometria!!)
Dicho esto, lo mejor es que sigas estos pasos:
1 Crea una camara, no la muevas
2 Crea un objeto nulo, ponlo en 3d, no  lo muevas
3 Emparenta la camara al objeto nulo
4 Copia los parametros de posicion, etc de tus planos al objeto nulo.
5 Alegremonos de los resultados!!

Asi deberia funcionar...

Vaya, que despiste...
Ahora recuerdo que otro gran clasico de la web, greyscalegorilla, enseñaba una pequeña tecnica para conseguir clavar al pixel un movimiento de camara que acababa en un clip de video...
A grandes rasgos se trataba de linkar la camara a un video, utilizando este para copiar los valores de posicion y orientacion del final del movimiento(es decir la posion exacta del video que vemos al final)..
No se si será de ayuda...
Otro saludo...

Vaya! Pensaba que en la version 2 si que tenia encuenta la orientacion de la capa... Lo siento...
Habrá que darle a las teclas!!:)
Otra solución para el control de camaras, es crear dos objetos nulos en 3d, y emparentar la posicion y el punto de anclaje de la camara a cada objeto nulo.
Asi separas la posicion y el target de la camara y los controlas mas comodamente...
Aunque tienes razon, el control de camara en after, a veces, es poco 'amigable'!!
Un saludo.

No puedo solucionarte el problema que presentas, pero sí puedo recomendarte que uses el pluggin gratuito Sure Target de (oh, sorpresa!)  videocopilot.
Ademas de mover la camara con precisión, tendrás control sobre frenada y oscilamiento, para dar un movimiento más orgánico a tu animación.
Espero ser de ayuda.

Lo que te proponía es en el momento de sacar el render final desde after, al seleccionar el formato de salida .mov, utilizaras otro codec que te diera un archivo mas ligero que el que te asigna por defecto que es .mov-animation... Por ejemplo . mov-h264, Mp4 u otros...
Espero haber sido de ayuda...

Si, por lo que he entendido, tu mov que viene de after debe ser .mov (animation), y luego desde encoder lo conviertes a HD (?).

Por que no intentar sacar desde after el .mov final?

Perdona si no lo he entendido bien...

Has probado hacer directamente la compresión desde After, aunque sea por saber si el problema viene con encoder...