Medio tarde pero la respondo para que quede la respuesta.
El Watch folder no tiene nada que ver especificamente con After Effects.
Es una funcion que permite que el canopus quede "mirando" una carpeta (directorio) especifico y cuando aparece un archivo de video lo convierte al formato que le indicaste cuando activaste la opcion.
Esto esta pensado para que quede una PC andando revisando un directorio y muchos usuarios vayan dejando los archivos a convertir a un formato en ese directorio. De esta manera sa ven encolando y los va convirtiendo en el orden que llegaron.
No tiene utilidad para un usuario en su casa, esta pensado para grupos de trabajo en red.

Espero le sea util a alguien.