¿Que has puesto como First Play? Lo que hayas puesto como First Play será lo primero que se reproducirá.

Me da que el menor fragmento ripeable de manera individual es el capítulo, o sea, que si no tiene capítulos, me temo que no podrás hacer lo que quieres.
Siempre puedes capturar de la pantalla con el Camtasia, pero eso supone pérdida de calidad.

Si conviertes tu avi a SVCD puedes incluir los subtítulos en la autoría. En ese caso serían seleccionables, aunque no todos los reproductores de salón lo soportan.
En ese caso podrías añadir hasta 4 pistas de subtítulos y dos de audio.

Creo que con esa tarjeta puedes oir audio multicanal (decodificadora) pero no sirve para editar audio multicanal en tiempo real. Para ello necesitas una tarjeta que reconozca 3 buses estereo (6 canales).

Puedes agregar los subtítulos permanentes con VirtualDub y usarlo como framserver para que TMPGEnc lo comprima a VCD.
O tambien puedes agregarle los subtítulos seleccionables en la autoría siempre y cuando lo pases a SVCD o alguna de sus variantes en lugar de a VCD.

Los programas 3D permiten exportar a formatos que guardan la información de la profundidad de campo (Z depth), como rpf o rla. Programas de postproducción como el Combustion reconocer dicha produndidad y permite colocar nuevos clips, como el del actor en un plano determinado.

Prueba a cambiar de marca de disco. Muchas veces eso soluciona el problema.
El siguiente en la lista de sospechosos puede ser el programa de autoría. Prueba con otros, TDA por ejemplo.

De todos modos, no se como va Encore, pero el Subtitle Workshop no crea los subtitulos, solo el script. Si Encore te pide los archivos bmp de los subtítulos tienes que crearlos a partir del script con MaestroSBT.

Pues depende de donde partas. El Maya es más profesional que el Max, pero también más complicado de aprender (y ya lo es el Max).
Si ya tienes conocimientos de infografía puedes aventurarte con Maya, si no, mejor el 3d Studio Max, que aún así te costará lo suyo.
Pd: Gracias por lo del M3  

Perdona, se me fue la olla   es Urusoft, no Ulead.
En cuando al problema no tengo ni idea, nunca he exportado para Encore.

Pues necesitas un programa de autoría que soporte subtítulos (Maestro, Scenarist, DVDLab Pro, DVDA).

Es un americanismo que por aquí leerás mucho, de check, comprobar.
Comprueba que en el Premiere el sonido no tenga un volumen muy alto y esté saturado. Vamos, que no llegue a las rayas rojas.

Ulead Subtitle Workshop permite crear subtítulos y exportarlos a infinidad de formatos.

Asi es, al instalarlo aparecerá como una opción de exportación.
El frameserver no comprime solo sirve cuadros. El compresor externo lo pones tu (TMPGEnc por ejemplo).

Un frameserver es eso, un servidor de fotogramas que actua de puente entre el programa de edición, Premiere en este caso, y un compresor externo.
Se usa cuando quieres comprimir con otro programa distinto al de edición, para tener que evitar el exportar a un avi intermedio, que en el caso de proyectos largos puede llegar a ocupar muchos megas.