Con DVDDecrypter puedes extraer desde una pelicula DVD directamente el video y el audio por separado en lugar de VOBs si activas la opcion Demux.
VOBs que tengas en disco duro puedes separar el audio y el video con Vobedit o Vobraptor.

Puedes hacerlo aplicando una transparencia Track Matte. Pones el primer clip. en la primera pista, el segundo clip en la superior. Crea con Photoshop una imagen con dos partes, una negra (que dejará ver un clip) y otra blanca (que dejará ver el otro), y con la forma que quieras, a mordiscos o como quieras. Esta imagen la importas en Premiere y la pones por encima de ambos clips. Y al segundo clip, le aplicas una transparencia Track Matte.

Perdona, quise decir Vobedit.

No entiendo muy bien la pregunta. Quieres poner las pistas de audio en un solo track (un solo capitulo)?. Tendras que poner cada pista de audio con el capitulo que le corresponde.

Cualquier programa de autoría te permite hacer loop al final de la pelicula. Prueba a exportar desde el Premiere el video y hacer la autoría con otro programa.

En Premiere Pro tienes dentro de Video Effects, Adjust, Auto Color y Auto Levels. Pruebalos.

Exporta a mpg2 y usa ese video en una autoría de DVD donde podrás especificar que quieres que haga el video cuando acabe.

Los VOBs no son mas que audio y video mulplexados. Extrae el audio y el video de los VOBs que te haya generado el DVD2ONE. Con DVDDecrypter puedes hacerlo.

La extraccion del mpg de un VOB no supone compresion ni perdida alguna de calidad. Extrae el video y el audio de esos VOBs y usalos con DVDMaestro para hacer la autoría.

Prueba con DVDRemake.

El problema será que el Workshop exige video y audio multiplexado. Puedes multiplexar el video y el audio que te ha dado el premiere con las MPEG Tools del TMPGEnc.

Extrae el video y audio de esos VOBs y puedes hacer una nueva autoría con ellos.

El "problema" del safe area solo es un problema del televisor. Practicamente todos los televisores se comen algun porcentaje de la imagen, dependediendo de cada modelo, y NO HAY NADA que lo evite mientras no cambies de televisor. Siempre se perdera ese poquito. Procura siempre colocar dentro de las zonas marcadas como seguras la parte de la imagen que no quieras que se pierda.

Exacto, se crea una carpeta del nombre que quieras que el reproductor de DVD no "mirará" donde puedes meter lo que quieras.
Pero esto tiene un inconveniente, doblas el espacio que necesitas, porque tendras dos veces el mismo video, una en formato dat y otra en mpg.

Hay que tener cuidado con lo de renombrar el archivo dat a mpg. Segun para lo que lo vayas a usar puede no valer. Por ejemplo, Scenarist no te admite como formato valido el archivo dat renombrado a mpg, hay que convertirlo para que lo acepte.
Se puede convertir por ejemplo con una utilidad que tiene en las herramientas el VCDEasy (dat to mpg).
En cuanto a lo de como hacer la autoria del DVD, para eso si que tendras que darte una vueltecita por la seccion de manuales como bien dice hyrax.