Vamos a ver, si se trata de una camara miniDV lo lógico es volver a pasar el video al ordenador en avi-DV y exportar de nuevo el proyecto a calidad 720x576, de esta manera no tendras perdida de calidad, ya que cualquiera de las otras dos opciones que propones perderás calidad (en realidad no perderás sino que mantendras la que tenga el CVCD).
El TMPGEnc DVD-Author y cualquier programa de autoría te aceptará el video en mpg1 352x288, siempre que cumpla con el máximo de cuadros GOP.

Si la desincronización es constante, al pasarlo al TMPGEnc puedes compensarlo en la pestaña Source range, ajustando retraso o adelanto del sonido en milisegundos en la ventana Audio gap.

Crea de nuevo el video reduciendo el bitrate. Yo te aconsejo que no solo lo reduzcas para que no llegue al límite, sino que ademas bajes otro poco, porque si vas con bitrate cercano al límite, muchos reproductores se atascaran, y total no hay mucha diferencia de calidad entre un bitrate de 9000 y otro de 7000.

Si, que cuando se aconseja que se edite el video en avi, es por algo.

¿Y para que quieres hacer eso? ¿Que puedes hacer en Pro que no puedas hacer en 1.5?.

Pues en el asistente del nero elige VCD y arrastras la pelicula.

En la ventana de captura deja pulsado el boton que hay abajo a la dcha (scene detection).

Yo personalmente definiría el tamaño del proyecto a 352x288 (si va a ser para un VCD) y reduciría el tamaño de video y fotos hasta meterlos en ese tamaño, como bien ha dicho iaipgcz.

Al iniciar el TMPGEnc, cuando te salga la ventana del asistente, le das al boton de cancelar, y ya tienes el TMPGEnc para que modifiques cuanto quieras.

Asegurate de que el video  que quieres exportar sea de igual tamaño al (tamaño) que exportas.

Pues en la seccion de manuales tienes uno....

Pues según para qué lo quieras. Como calidad, da mas calidad el divx, pero a no ser que tengas un reproductor compatible con divx, tendrás que verla en el ordenador. El VCD tiene menos calidad pero a cambio se puede ver en practicamente todos los reproductores de sobremesa.
Tu eliges.

Multiplexa el audio y el video con las MPEG Tools del TMPGEnc y luego se lo das al Nero, o bien usa otro programa de autoría (TMPGEnc DVDAuthor, DVDLab...).

¿Que es lo que no tienes claro del TMPGEnc? ¿Como demultiplexar?.

Configura windows para que muestre la extension de los archivos (en Opciones de Carpeta).