Como segunda opinión, yo te puedo decir lo que hago siempre:
Grabar en discos azules, no amarillos.
A la velocidad mas lenta posible. (como bien dices tu)
Con Bitrate constante a 6000 y sonido PCM.(tienes para 1:20 en DVD de 4,7 Gb)
Y en discos -R.
Lo de las pegatinas puede ser otro problema.
Yo tengo una impresora y manejo discos imprimibles.
SUERTE

Eso si que me parece muy, muy raro.

¿tienes puesta la misma resolución en el monitor?
¿y el mismo numero de colores?
¿El vídeo tiene diferentes propiedades que los de antes?
Cuando dices que lo ves mal, a que te refieres??
Parpadeos, lineas borrosas, ruido (suciedad), retraso con el audio, colores falsos, etc...

Aun no..
Pero no tardare en trabajar con ello.

Perdona..

Eso mismo te pasara con cualquier otro programa.
Lo que tienes que hacer es simplemente Guardar, no Guardar como.
Y en el caso de guardar como, guardar con otro nombre.
Comprendes??

Tranquila seguro que lo haces a tiempo.
Yo trabajo con previo en una televisión, para ello tengo siempre montado un conversor A/D (analógico / digital)
El mio es un ADS y cuesta unos 250€ (hoy en día)
Tiene una entrada Fire Wire y una salida de vídeo analógico, que puedes poner al euroconector de la tele.
De esta forma puedes editar mas tranquilo y seguro de no meter la pata en los colores y de mas.
Algunas cámaras digitales tienen esa misma función (el conversor A/D)
Por lo que puedes ponerla como puente entre el Pc y la TV.

Cuando Encore importa un archivo de vídeo, lo transcodifica automáticamente.
Mira las propiedades de transcodificación en tu Encore.
Selecciona no transdecodificar.
Estoy intentando ayudarte aun que yo no hago aun nada de Blu-ray.
Por lo que no tengo todas con migo.

Premiere 6.5 muestra el previo de video tal como es.
Unicamente reduce el tamaño, para que entre en la ventana de previo.
Mientras que Premiere Pro (todos los Pro y CS) hacen automáticamente un render de todos los vídeos que importas al proyecto. De esta manera se muestran mejor y mas rapido, aun que trabaje casi constantemente el procesador.

Elesa me alegro de que se solucionara el tema.
Cuando se construye un video Pal, este tiene unas características que no son las mas apropiadas para mostrarse en un monitor de PC.
Primero por el entrelazado y luego por el aspecto del pixel.
Por eso los vídeos Pal, mejor en la Televisión.

Las perdidas de cuadro suelen suceder por varias causas.
Estas capturando mientras el PC realiza otras tareas.
El disco duro de destino para la captura esta muy fragmentado.
Tienes algún conflicto con la capturadora.
¿puedes capturar desde el programa que tiene tu Pinacle?
¿desde este programa captura bien?
En ese caso los drivers que instalaste para Premiere no funcionan correctamente..

Busca ese archivo RealGuitar2.dll en la carpeta de plugins de Premiere.
Y por supuesto bórralo.

Fistros, no existe protección alguna que pueda hacer eso.
Simplemente se trata de una captura de señal de vídeo.
Así lo hago yo desde hace mucho y no tengo problema.
Gadgeto ¿miraste a captura de una cámara?
Seguro que te pasa lo mismo..

Dependiendo del formato y mas que nada del data rate (esto es la cantidad de datos que tiene que leer el disco duro y procesar el procesador para mostrar el vídeo) y del tamaño de cuadro.
Me explico:
Al hacer un previo, todo el equipo trabaja. (mucho)
Primero por que tiene que leer el archivo del disco duro y este puede estar fragmentado.
Luego tiene que decodificarlo. Esto se hace normalmente por hardware. Toma procesador.
Para mas tarde mostrarlo al tamaño que tengas seleccionado en el previo de Premiere.Toma tomate.
Y para complicarlo mas, tiene que hacer lo mismo con el audio.
Para rematar la faena, el procesador tiene que estar haciendo muchas otras cosas al mismo tiempo.
Seguro que tienes otras aplicaciones funcionando.
¿cuanto ocupa el vídeo que exportas en MKV?
Y ¿cuanto ocupa en AVCHD?

Creo que las transiciones y efectos que instala Matrox para tiempo real, las renderiza por medio de la propia placa.
Por lo que no creo que funcionen sin ella.