Steve, lo puedes hacer on sony vegas y photoshop, pero como se supone es un arduo trabajo, dependiendo de la duracion de la toma como tu mismo dices, lo mas extremo que he visto ha sido la ultima creacion de lasse, el pana que hizo hyperactive, debes haberlo visto, -.- trabajo 4000 frames en 5 meses de todas maneras en el link de utube esta la descripcion completa del video.. cabe destacar que es una obra maestra
Sony vegas te permite exportar en secuencia de imagenes, y obvio tambien importar secuencias.. aunk si quieres modificar caras y cosas asi ( Simples ) puedes intentar con after effects por ejemplo ve este tutorial Saludos =)