Seria posible poner en cada canal del sonido stereo una banda sonora diferente? Me explico, quisiera que al guardar un proyecto el sonido original del video vaya en uno de los 2 canales stereo y en el otro canal vaya la musica de fondo de modo que no se mezclen para que al reproducir se pueda elegir una u otra. ¿seria esto posible?.

Como lo estas explicando lo tienes q hacer,cuando pones el video el audio se pondrá por debajo del video y si le agregas un tema de muscica éste debe de ir debajo del audio del video.

Si, pero lo que quiero es que el sonido original se salga por ejemplo por el canal izquierdo y el sinido agregado por el canal derecho. En las pruebas que se hecho me salen ambos sonidos mezclados en ambos canales. ¿se pueden separar?

realmente eso es lo que quieres?  entonces pulsa la tecla M, se abrira la ventana del mezclador, Ahi puedes configuar los canales izquierdo y derecho, a tu gusto.
  o buscas algo asi como en los dvd comerciales, seleccionar el idioma? aqui de momento Magix no admite distintas pista de audio en la autoria del dvd, pero si es cortito, se podria utilizar algun truquillo.

Saludos.