Aqui esta la lista de formatos de entrada soportados: Sony Vegas

MOV, WMV, H.264, Aa3, AAF, FIA, ASF, au, AVC, AVI, BMP, BWF, CDA, cavar, DLX, DPX, DV, EXR, FLAC, GIF, HDP, IVC, JPEG, AVCHD, M2TS, M2T, MVC, Sony mxf (XDCAM y HDCAM SR), MP3, MP4, M4A, MPEG - 1 y MPEG - 2 video, OGG, MPO, OMA, Panasonic mxf (DVCPRO, AVC intra) PCA, PSD, QT, R3D, PNG, SFA, SND, TIFF, TGA, xavc s, W64, WAV, VOX, WDP, WMA, xavc intra MXF

Sony Vegas no soporta MKV como formato de entrada asi que es imposible importar archivos MKV en Sony Vegas directamente.

Abrir MKV en Sony Vegas, el método común es convertir MKV a Sony Vegas apoyó formatos.

Aqui es una guia para completar la tarea: http://www.faasoft.com/articles/open-mkv-in-sony-vegas.html

Espero que se pueda solucionar tu problema.