Hola aalbertico !
Tengo el mismo problema pero con HandBrake (no se si este era el soft que mencionas tu). Pero trabajo con archivos MXF (propietario de Sony) y con camaras broadcasting, donde siempre, al menos, se utilizan 2 canales cuando menos el 2do como backup del primero..
Pudiste solucionarlo?. Te paso tambien en HandBrake?