Al final lo he solucionado de un modo mas "sencillo". Lo convertí a distintos modos de mp4, y nada, ninguno funcionaba, asi que lo que hice fue convertirlo a .avi dejandole todo tal cual, y para mi sorpresa me ocupa incluso menos xD Ahora de momento lo he probado en el sony vegas y me los pilla bien, luego mirare a ver como me los renderiza el AF, pero supongo que lo pillara bien tambien, si no, pues me tocara editar con sony vegas.

Aqui estan los datos con media info:

Formato                                  : MPEG-4
ID Códec                                 : M4V
Tamaño del archivo                       : 1,89GIB
Duración                                 : 13min.
Modo de tasa de bits                     : Variable
Tasa de bits total                       : 20,1Mbps
Película                                 : uncharted 3
Fecha de grabación                       : 2013-04-23
Fecha de codificación                    : UTC 2013-04-23 11:40:11
Fecha de la etiqueta                     : UTC 2013-04-23 11:40:11
desc                                     : Escriba aquí la descripción.

Video
ID                                       : 1
Formato                                  : AVC
Formato/Info                             : Advanced Video Codec
Formato del perfil                       : High@L4.0
Ajustes del formato, CABAC               : Si
Ajustes del formato, RefFrames           : 2marcos
Format_Settings_GOP                      : M=3, N=15
ID Códec                                 : avc1
ID Códec/Info                            : Advanced Video Coding
Duración                                 : 13min.
Source_Duration/String                   : 13min.
Tipo de tasa de bits                     : Variable
Tasa de bits                             : 19,9Mbps
Tasa de bits máxima                      : 30,0Mbps
Ancho                                    : 1 280pixeles
Alto                                     : 720pixeles
Relación de aspecto                      : 16:9
Modo de velocidad de cuadro              : Constante
Velocidad de cuadro                      : 59,940fps
ColorSpace                               : YUV
ChromaSubsampling                        : 4:2:0
BitDepth/String                          : 8bits
Tipo de exploración                      : Progresivo
Bits/(Pixel*cuadro)                      : 0.360
Tamaño de pista                          : 1,87GIB (99%)
Source_StreamSize/String                 : 1,87GIB (99%)
Idioma                                   : Inglés
Fecha de codificación                    : UTC 2013-04-23 11:40:11
Fecha de la etiqueta                     : UTC 2013-04-23 11:40:11
colour_primaries                         : BT.709
transfer_characteristics                 : BT.709
matrix_coefficients                      : BT.709
mdhd_Duration                            : 808440

Audio
ID                                       : 2
Formato                                  : AAC
Formato/Info                             : Advanced Audio Codec
Formato del perfil                       : LC
ID Códec                                 : 40
Duración                                 : 13min.
Source_Duration/String                   : 13min.
Tipo de tasa de bits                     : Constante
Tasa de bits                             : 216Kbps
Canal(es)                                : 2canales
Posiciones del canal                     : Front: L R
Velocidad de muestreo                    : 48,0KHz
Tamaño de pista                          : 21,3MB (1%)
Source_StreamSize/String                 : 21,3MB (1%)
Idioma                                   : Inglés
Fecha de codificación                    : UTC 2013-04-23 11:40:11
Fecha de la etiqueta                     : UTC 2013-04-23 11:40:11
mdhd_Duration                            : 808440

aaah, pero por que se me ha ido la pinza, era AE entodos los casos xD  Pues descargare el programa y comento a ver que sale.

Con AE4 me refiero a after effect 4 

Como hago el informe de mediainfo?
Estaba pensando mientras veo los detalles del archivo... ¿sera problema de la velocidad de datos y de bits, en comparacion con la velocidad de destino y la maxima, que al ser menor ralentiza el video? luego probare a ponerla mas alta a ver que tal y comento.

En cuanto a la capturadora me es imposible la idea de cambiarla, es de las mejores del mercado ahora mismo 

Buenas, tengo un problema que me lleva comiendo la cabeza toda la semana. A ver si aqui le encontramos solucion:

Primero os pongo en situacion. Me compre una capturadora, elgato hd game capture, y me saca los videos mas o menos comprimidos a mp4 (mas o menos por que 24min a 720 me ocupa 3Gb y pico, y yo con el af los dejo a menos tamaño con la misma calidad casi) a 720 y a 60fps. Bien, supongo que por problemas del codec que use la capturadora, no es compatible el video con after effect, el cual al intentar meter un video recien salido de la capturadora, me deja de responder y tengo que cerrarlo (el sony vegas directamente me dice que me meta el video por donde amargan los pepinos...). Pues bien, buscando una solucion rapida, me baje el "imtoo video converter", y converti los videos al mismo formato (h.264) dejandole la misma calidad, pero bajandole los fps a 30, ya que si los dejaba en 60, el after effect siempre siempre, no se por que, me daba un fallo al darle a procesar. Pruebo el video antes de meterlo en AF, y todo perfecto, audio y video van a su tiempo.

Llegados a este punto, tengo lo siguiente:
Video:
    1280x720
    velocidad de datos: 5050kbps
    velocidad de bits: 5178kbps
    velocidad del fotograma: 29fps
    codec H.264 (mp4)

Y las opciones de procesamiento son las que siempre me han venido bien:
   Codec: mainconcept H.264 (mp4)
   estandar TV: NTSC
   29,97fps
   orden de campos: ninguno(progresivo)
   Proporcion: pixeles cuadrados
   Perfil: alto
   Nivel: 3,2
   Velocidad de destino: 2,888
   Velocidad maxima: 6,864

Pues bien, al procesar, el audio va estupendamente, pero el video, va como en slowmotion, ralentizado. Y solo me pasa con los videos antes mencionados, si saco un video con por ejemplo, el fraps, me los pilla estupendamente y sin problemas al procesar, incluso videos a 1080, y pasandolos de 1080 a 720.
De verdad necesito ayuda con esto, un saludo y gracias de antemano!