El método común es usando el meGUI, si no tienes tiempo de aprender a usarlo, usa el Handbrake, con ese he importado videos .TS  1920x1080 (directo del Blu-ray original o de grabación HDTV japonesa 1440x1080). Ahora como el tamaño no te interesa vamos a hacer un mp4 1920x1080 x264 con encodeo CRF de una pasada.

Si lo configuras de esta manera la calidad de video será muy buena http://puu.sh/OKid (si quieres más calidad ponle un valor más bajo, esto es mejor que a dos pasadas). Ahora el audio lo configuras en aac de unos 320kbps o lo que quieras. Entonces ya que hayas configurado resolución 1920x1080, video x264 y audio aac lo exportas como video.mp4 ... Eso sería todo, si el video te lo guarda en formato m4v solo cambiale la extensión a mp4. De esa manera debería poder reproducirse en Xbox360, PS3 y varios televisores modernos.

Lo olvidaba, acá está el handbrake: http://handbrake.fr/downloads.php
Si no te gustan los resultados del modo CRF o si tu hardware tiene problemas al reproducirlo con fluidez, encodéalo a dos pasadas en 6000kbps de video con los mismos codecs y mismo contenedor.

¡Genial!, lo pondré en práctica puesto que quiero encodear series animadas con todos los episodios al mismo peso y así mantener el orden. Además de que el fansubeo exige la mejor calidad para no pasar como perry ante los leechers, y aunque todo mundo se está pasando a CRF por que las nuevas técnicas de animación requieren mejor calidad, me gustaría seguir manteniendo un peso fijo. Y con esto me facilitas todo, peso fijo + calidad crf = justo lo que necesitaba.

Entonces ya mismo me pongo a probar este método, supongo que la segunda parte para lograr un peso deseado es restar el peso del video al peso deseado y lo que queda se reparte para el audio.