Aporto otra respuesta a tu pregunta. Yo trabajo los clips uno por uno en AE CS3 y luego armo el video final con Premier CS3. Para esto (en AE) los guardo como proyecto...nn.aep y luego en Premiere...Importar archivo...y busco cada proyecto. Fíjate si tanto el AE como el Premiere tienen el mismo ajuste, es decir, si ambos estan en DV1/pal 16:9 widescreen por darte un ejemplo. Además, cuando importás en Premier tenes que renderizar cada clip en el momento de importarlo. Quizás ahí esté tu problema.
Saludos.

Marcos:
   Aquí va mi comentario como "amateur" en este tema pero quizás te sirvan.
   1) Respecto a los archivos de imágenes yo trabajo así: primero las trabajo en After Effect CS3 (recorte, efectos, color correction, etc, etc). Las guardo como...Proyecto de After Effect (NO como pelicula). Luego con el Premiere CS3 IMPORTAR....proyecto xx.aep y voy armando la línea de tiempo. Presta atención que en Premier, sobre la línea de tiempo hay una barra fina que marca la duración total del clip (debes extenderla para que abarque todos los clips juntos)
He grabado clips de hasta 4 Gb en Premier sin problemas de uso de la memoria, pero, un truco: cada vez que importes un clip nuevo DEBES renderizar (uno por uno al agregarlos a la linea de tiempo)
   2) Respecto a la música: utilizo mp3 sin problemas, quizás tengas mal ajustados los preset del Premier.
Saludos.