Hola se que esto fue preguntado hace mucho tiempo, pero no dieron una solución más práctica, seguí buscando y encontré que en esta página http://help.adobe.com/es_ES/AfterEffects/9.0/WSB108BC99-A69B-46c4-86D3-2192805C2AF8a.html
dan la respuesta, y está en el mismo AFTER, hay que importar/archivos múltiples, se selecciona el archio y listo. Si está el codec en la computadora, debería leerlo.