Yo tengo el mismo problema y por muchas vueltas que le doy no le encuentro solución.
Me compré hace poco una cámara Sony FX1 que graba en HD y al capturar los videos con Adobe Premiere CS3 me los pilla en Mpeg-2 sin ningún problema (tampoco me da otra opción). El problema me viene cuando quiero importarlos a un proyecto de After Effects que me sale este mensaje de error:

After Effects Error: el módulo de formato de archivos no pudo analizar el archivo.
( 45 :: 35)

Me consta que After Effects CS3 ya trabaja con archivos HD así que no entiendo donde está el problema. Si Premiere los puede codificar, ¿por qué no los puede abrir After Effects? Si que he probado a exportar los Mpegs a avi u otros formatos desde Premiere y entonces si que me lo captura pero con una pérdida de calidad bestial.

Otra cosa, ¿sabéis si se puede descargar alguna versión de prueba o algo de los plugins de After Effects CS3 "Key Light 1.2" y "Color Key"?

Otra cosa, creo recordar que había un programilla que permitía bajar los videos de Youtube en formato .flv (o algo así). ¿Se podría hacer lo mismo con los de Videocopilot? La verdad es que es una putadilla tener que estar siempre conectado y volverlos a bajar cada vez que los necesitas...

A ver si me podéis echar una manilla... Muchísimas gracias.