Hola, me paso algo similar recien y buscando en google di con tu post.-

Ahora yo probando instalaciones con mi debian, y probe cambiar sistemas de mbr con el cd hiron boot 9.3 deje la escoba con el windows para k arrancara, claro deje bien el debian k apareciera en el grub y aparecio tambien el win xp pero claro el win arranco y me paso lo mismo que a ti, con tal k ya estaba pensando en formatear pero como pense k tenia k ser algo con la particion y no con el formato, arranke desde el hiron boot el programa partition magic y para mi sorpresa la particion de windows aparecia como hidden a la cual solo dandole un click con el derecho sobre la particion en advanced eleji la opcion de unhidden y reinicie.. luego de eso la particion y sistema operativo de win partio sin ningun problema. y el debian tambien parte sin ningun problema.-

Me quise registrar solo para postear este tema, ya que es bastante escaso que pase algo asi. pero si yo di con este tema quisas a muchos mas le ha pasado y espero que sirva de algo mi acotacion.-

Gracias.-

Saludos.-