Creo que lo que has de hacer es dirigirte al principio de la escena, seleccionar y darle a "suprimir", y así te quedas solo con la parte que has cortado.

Depende de dónde esté la publicidad. Si está en la parte de abajo, por ejemplo, o donde suelen poner los logotipos de las televisiones, no podría quitarse pero sí taparse haciendo un overlay con color nego, o uno lo más parecido posible al fondo.