Ya lo he solucionado. Era por que tenia activada la funcion de Guide Layer en las capas que a la hora de exportar no creaba. Gracias de todas formas aunque seguro que vuelvo a recurrir a vuestro foro.
Saludos.

Gracias por contestar. Pues te explico. Previsualizo con RAM Preview y Exporto con compresión DVPal (aunque también he probado con Cinepak), Fotogramas por seg 25 (es para que me los coja el Pinnacle), Compresor calidad óptima y escaneado entrelazado. Hasta ahora lo único que había creado con el After Effects era texto moviéndose o pintadas en fotogramas, o sea que debe ser alguna historia con las capas. No se si tengo que integrarlas con el fondo....u otra cosa. Gracias de nuevo.

Hola, somos una miniproductora amateur de cine (Fusionator Productions), y hace solamente una semana que estoy metido con el After Effects (la mejor palabra que lo describe es que soy novato). Os explico mi problema, he creado un clip en el que sobre una imagen fija de fondo, se mueven varias capas (son unas máscaras de cabezas al estilo Terry Gilliam, salvando las distancias). Cuando le doy a reproducir lo hace perfecto, pero cuando lo exporto (en este caso a avi) en el archivo final solamente se observa la imagen de fondo. En el manual de 396 pgs no encuentro el fallo. Me imagino que debe ser sencillo pero no se como hacerlo. Gracias.