Para reproducir facilmente distintos fragmentos de un mismo video de forma encadenada (sin tener que tocar al reproductor) la mejor forma que he encontrado es crear un archivo de lista de reproducción tipo .xspf para usar con el reproductor Vlc (Videolan), en este archivo establecemos los tiempos de inicio y fin de cada trozo o fragmento de video (en segundos) y luego, simplemente doble clic en este archivo y se proyectan todos los trozos automáticamente.

Esto funciona perfectamente y evita tener que editar el vídeo original. XSPF es una lista de reproducción en formato XML

La creación de un archivo .xspf paso a paso sería más o menos así:

   
• Nos aseguramos que podemos ver las extensiones de los archivos. Para ello, en la misma carpeta que tienes el audiovisual vamos a "Organizar", "Opciones de carpeta y búsqueda", seleccionamos la ficha "Ver" y desmarcamos la casilla "ocultar las extensiones de archivos para tipos conocidos" (Esto en Windows Vista).
• Creamos en la carpeta que contiene el video un archivo .txt con el "blog de notas", le damos cualquier nombre, por ejemplo: "video lista de reproduccion.txt".
• En este archivo, escribimos texto con la siguiente estructura:

<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<playlist version="1" xmlns="http://xspf.org/ns/0/" xmlns:vlc="http://www.videolan.org/vlc/playlist/ns/0/">
<title>Playlist</title>
<trackList>
     <track>
<location>file:///G:\DOCUMENTAIS\Puerto_barcelona.avi</location>
<extension application="http://www.videolan.org/vlc/playlist/0">
            <vlc:id>0</vlc:id>
            <vlc:option>fullscreen</vlc:option>
            <vlc:option>start-time=113</vlc:option>
            <vlc:option>stop-time=982</vlc:option>
         </extension>
</track>
<track>
<location>file:///G:\DOCUMENTAIS\Puerto_barcelona.avi</location>
<extension application="http://www.videolan.org/vlc/playlist/0">
            <vlc:id>1</vlc:id>
            <vlc:option>fullscreen</vlc:option>
            <vlc:option>start-time=1310</vlc:option>
            <vlc:option>stop-time=1403</vlc:option>
</extension>
</track>
<track>
<location>file:///G:\DOCUMENTAIS\Puerto_barcelona.avi</location>
<extension application="http://www.videolan.org/vlc/playlist/0">
            <vlc:id>2</vlc:id>
            <vlc:option>fullscreen</vlc:option>
            <vlc:option>start-time=2880</vlc:option>
            <vlc:option>stop-time=2959</vlc:option>
</extension>
</track>
</trackList>
   <extension application="http://www.videolan.org/vlc/playlist/0">
     <vlc:item tid="0" />
    <vlc:item tid="1" />
    <vlc:item tid="2" />
   </extension>
</playlist>

   
• Cuidado con nombres-rutas de archivo con espacios o caracteres como acentos, que posiblemente den lugar a error.
• Por otra parte, si has creado el archivo de texto en la misma carpeta que contiene el audiovisual, la rutas se simplifican mucho: <location>file:///Puerto_barcelona.avi</location>   No tengo clara la diferencia entre rutas absolutas y relativas, pero creo que se trata de algo de esto.
• A continuación, cambiamos la extensión al archivo de texto. Reemplazamos el .txt por .xspf Aceptamos el mensaje de advertencia: "¿Está seguro de que desea cambiar...?"
• Cualquier cambio posterior, por ejemplo en los tiempos de inicio y fin, lo realizas abriendo el archivo con el bloc de notas (botón derecho y "abrir con" ...)
• Nos aseguramos de tener instalado un reproductor que pueda ejecutar esta lista de reproducción en formato .xspf. Yo utilizo el Vlc, pero supongo que también otros programas pueden gestionar estas listas.
• Doble clic sobre el .xspf y arranca el reproductor visualizando los extractos seleccionados del video de forma encadenada.