Buenas, segun creo, el proceso de cortar un video en sus diferentes escenas se tendria ke hacer a la hora de capturarlo (yo uso una camara digital con HD, y no tengo ese problema) de todas maneras, si añades un video a la linea de tiempo del premiere, con la herramienta "cuchilla" (icono de una cuhcilla de afeitar) puedes separar un video en tantas partes como kieras para luego trabajar con ellas cambiando orden, eliminando, etc...