DVDShrink te permite insertar varios dvds en uno y luego comprimirlos (o no) para que entren en uno solo. Para ello, abre el programa tantas veces como discos (video_ts's) quieras meter en uno y luego arrastra cada vídeo desde uno de los DVDShrink abierto a uno de ellos, el que va a contener la pelífcula final conteniendo varias de ellas. Te creará una única carpeta video_ts con ambas (o varias) películas con sus capítulos originales. Eso sí, deberás hacerlo desde la opción Re-author.
TMPGenc, como te han dicho más arriba, es otra opción.