Hola antes que nada decir que soy nuevo aquí y enviaros un saludo a todos.

El problema en cuestion es que al transcodificar los videos me aparece la imagen invertida tanto horizontal como verticalmente. Son videos realizados con Premiere de 720x576, 25 FPS, D1/DV PAL (1.067), 4/3.

Nadie puede ayudarme? Es urgente!!!  

por que no codificas antes de meterlo al encore, a veces es mejor separa procesos, editar con premiere, codificar con cce,tmpeg, procoder, y autoria con encore, de esa forma trabajo y no he tenido problema, yo uso encore pero jamas le dejo el trabajo de codificar, prueba a ver como te va

Ése es un problema típico de exceso de códecs instalados en el PC. Borra unos cuantos y quédate con los divx, xvid y pocos más. Seguro que tienes instalado un pack de códecs: Elisoft o similar.
Si así no funciona, quizá deberás reinstalar y luego sólo instalar los códecs que te he dicho.

Muy buenos consejos los dos. Seguro que es algo de codecs lo pensaba mientras venía a casa. Muchas gracias a los dos.