Me ha sucedido lo siguiente con el TMPGDVDautor.
Hago la autoria de unas cintas de DV convenientemente pasadas a mpeg y voy cortando las partes que no me interesan y creando los capitulos.
Hasta aquí todo normal, después de conseguir que la barra entre en la zona azul (esto porque no edito con adobe o similar que no tengo y el windows maker 2 no me va bien) hago la autoría que se lleva una hora ( pensé que era por tanto corte) pero el tamaño de lo creado es de mas de 9 GB.
Reviso lo creado importando el dvd creado con el propio TmpgDVD y el último titulo creado no tiene niguno de los cortes efectuados, pero la autoria si refleja el tamaño real de esa Track.
Lo he rehecho todo de nuevo y lo mismo.
El archivo en cuestión de partida  lo uní con el TMPGEnc plus procedente de dos archivos.
¿Alguien sabe porque me pasa esto? Hasta ahora este proceder no me habia dado problemas.

Es extraño lo que dices... La autoría nunca debería dar como resultado un tamaño mayor al MPEG inicial (se incrementa un poco, pero es casi despreciable teniendo en cuenta la capacidad del DVD) Comprueba el tamaño de los MPEG's iniciales antes y después de unirlos con TMPGEnc.

Una forma alternativa de trabajo podría ser no unir los archivos MPEG inicales, o incluso trabajar con vídeo y audio separados. Esto es, demultiplexar (separar) vídeo y audio de los archivos MPEG's TMGPEnc DVD Author trabaja sin problemas tanto con archivos multiplexados como archivos sin multiplexar.

El tamaño de los archivos sí podría explicar el tamaño final pero lo que no se explica es que en la barra del tamaño esté dentro de los 4.4 Gb y luego se vaya a los 9. He hecho otra prueba sin menus animados y ha sido correcto el resultado final.
La realidad es que uní los archivos por ir probando cosas nuevas pero no compensa dado el tiempo que se toma para todo el TmpegEnc.
Realmente la cuestión es: ¿ por qué causa el TMpgEncDVD Autor no detecta corrctamente el tamaño que tendrá el DVD final en el caso de un menú animado? .
Otra pregunta que se me plantea es si la opción cut del programa realmente corta esos fragmentos a la hora de copiarlos en la autoria o simplemente los salta durante la reproducción?.

TMPGEnc realiza la autoría con los trozos del vídeo seleccionado, de manera que el DVD creado contiene sólo lo que has definido como vídeo útil entre las marcas de Star y End.