Quisiera pasar un .vob a format .avi sin perder mucho la calidad, con que programa lo puedo realizar. Aparte como loigro sincronizar los subtitulos en el DVD maestro ya que me salen todos desincronizados y lo puedo sincronizar manualmente, pero imaginense el tiempo empleado en un video de 2 horas.

Usa DVD2AVI. Y exporta a un avi con códec DV o MJPEG para tener una pérdida mínima.