Hola,
Tengo la duda de si instalar los discos de almacenamiento 3.5 en el interior de la caja con el consiguiente consumo, desgaste y ruido o ponerlos en una caja exterior y conectarelos por usb cuando me haga falta.

La idea no me parece mal pero mi duda es si cuando tenga que editar material que esté en esos discos la conexión usb ralentizará la edición respecto a la conexión sata si los tuviese en el interior del PC.
¿Me aconsejais este sistema?

Depende de las características de los discos duros y de las conexiones USB que tengas en el ordenador, sabiendo que la limitación está en el interface de USB.

Es cuestión de echar números:

El rendimiento máximo de los puertos USB 2.0 es de 480 Mbits/s; mientras que los USB 3.0 llegan hasta 4,8 Gbits/s.

El rendimiento de un disco duro Serial ATA I llega hasta 1,5 Gbits/s. El de un SATA II hasta 3 Gbits/s. El de un SATA III hasta 6 Gbits/s.

Supongamos que tienes un disco duro SATA II y lo metes en una carcasa USB 2.0, habrá una disminución del rendimiento (de 3 Gbits/s a 480 Mbits/s).
En cambio si tienes ese mismo disco SATA II, lo metes en una carcasa USB 3.0, y tu ordenador tiene puertos USB 3.0, no habrá diferencia respecto a tenerlo conectado internamente a un puerto SATA II del PC.

Saludos.