Mira, probe el mio y si incorpora los m2ts, pero el resultado es un desastre.
Probe el metodo que te indique antes:
http://avchdvideos.blogspot.com.ar/p/joining-my-avchd-videos.html
Y es un espectaculo como anda, si, un poco mas complicado, pero tranquilo se hace ya que el resultado parece que vale la pena.
Usa el traductor de google si tenes problemas con el idioma, ademas hay un tutorial mudo, con ver es suficiente.
En la pagina del generador del codigo no funciona con IE, usa Firefox ó Crome.

Saludos

He vuelto a probar con tsmuxer y ahora si me deja añadirlos y los une correctamente. No he notado que el sonido vaya por delante o por detrás. Los archivos que he unido suman en total 28 minutos. En tu caso se nota mucho el desfase???

Yo lo probe con 2 videos no identicos en condiciones, lo cual me parece que no es tu caso, directamente o salia el audio de 1 y la imagen del otro, se congelaba, en fin no es algo que hago seguido, bueno casi nunca, pero por lo menos ahora se que hay un metodo que no me a dado errores.
Si a vos te funciona dale para adelante.

Saludos