Tengo una cámara miniDV con una tarjeta conceptronics para capturar video y uso Ulead MediaStudio.
He hecho muchas pruebas para comprimir lo que he capturado directo de la cámara (o lo ya editado con ulead) a algún formato que entre en un CD y luego pueda ser reproducido en el ordenador.
Me conformaría con meter 30 Minutos con calidad muy buena.

He probado comprimir a MPEG2, DivX y XviD y no obtengo buenos resultados. Por ejemplo comprimiendo a MPEG2 se ven rayas cuando el objeto filmado se mueve .
Tal vez estoy usando un soft inadecuado o no estoy configurando bien los parámetros.

Cuales son los formatos más recomendados y las herramientas de soft para ello?

Las rayas son el entrelazado. Para conocer mejor qué es esto, mira en este enlace:
primeros auxilios.
Por cierto, esas raya, ¿dónde las ves? ¿En el ordenador, en la tele o en ambos?
Te recomiendo que la compresión la realices con el programa TMPGEnc. No sé si Ulead tiene a este programa como Plug-in pero, si no, puedes exportarlo a avi (DV o MJPEG) y luego comprimirlo como CVD con TMPGEnc. A un bitrate de 3000 (audio a 160) te entrará una media hora por CD de 700 y ya da una calidad más que aceptable.