He descubierto porqué, aunque no llego a entender porqué jeje, me explico:

Cuando hago un mp4, sea 720p/1080p, desde MainConcept (mp4...), acaba convirtiéndolo en estandard NTCS (aunque indique PAL).
Sin embargo cuanod hago un mp4, desde SONY AVC (mp4...), me respeta mi elección PAL.

No me preguntéis porqué, pero lo he probado y es así. Hablo de Sony Vegas Pro 13.

Un saludo!