Hola amigos, estoy cogiendo unos documentales que tengo en MPEG para pasarlos a un DVD. Mi problema es que estos documentales tienen basura tanto al principio del video como al final, y quiero unificar el inicio de cada uno de ellos.

Existe algun modo de cortar el video directamente conservando la compresión MPEG?

Hola.

Con TMPGEnc se puede.

En la pestaña de archivo/mpeg tools. Ahí puedes cortar, unir, multiplexar y demultiplexar.

Saludos.

Puedes perfectamente cortar un MPG en el lugar que tu quieras y dejar solo lo que tu necesitas, lo puedes hacer con el TMPGenc de la siguiente manera:
- Abre el TMPGenc
- Cierra el Asistente (Si es que aparece)
- Menú Archivo
- Opcion Herramientas MPEG...
- Selecc. la Pestaña Fusión y Corte
- Selecc. el Tipo: MPEG-1 Video-CD (no-standard)
- En Añadir selecc. el video que vas a cortar.
- En Salida pones el nombre del archivo final y su ruta.
- Click en Editar (te aparece un cuadro en el que especificas donde empezará y donde  
  terminará tu nuevo video)
- Especifica el inicio, ubicando la pinza en el lugar donde quieres que inicie y luego das click
  en el boton que tiene el Corchete abierto ' { '
- Especifica el fin, ubicando la pinza en el lugar donde quieres que finalice y luego das click
  en el boton que tiene el Corchete cerrado  ' } '
- Luego das OK y listo comenzará a crearse tu nuevo video.

SUERTE!!!

Gracias por la rápida respuesta, lo probaré.