Tengo un problema. Luego que tranformo el avi a mpg subtitulado con el frameserver del virtualdub y el tmpgenc, cuando termina de transformar el mpg resultante se ve como lento, como entrecortado.Alguien sabe a que se debe esto?

No queda claro lo que significa entrecortado o lento. En todo caso, comprueba que el avi y el mpg tienen los mismos fps. Igual el avi es NTSC y lo has pasado PAL, por ejemplo.