Las opciones que tengo para capturar son MPEG-II y DVD, y yo prefiero en MPEG ya que asi luego me junto 3 pelis con su menu y todo y si capturo a 6000 me ocupa muchisimo, tal y como lo expongo arriba.

Pues no existe una "fórmula mágica" que ofrezca calidad y menor tamaño, salvo DivX, puedes hacer como mencioné, capturar así, aunque ocupe 4.1 gb (ya sé que es mucho, yo trabajaba con un disco de 20 GB ) después de editar, exportas a 3000 kbps y ya ocupa menos, después borras el original para liberar esos 4.1 GB.

Espero te sirva. Ciao.