¿Por qué un wav generado de un AC3 con HeadAC3he no lo puede cargar TMPGEnc DA y sí otros wav's? ¿Un wav no es como un bmp?

No necesariamente... y un wav no es cómo un bmp. Se parece más en estructura a un jpeg, ya que un wav se puede comprimir sin perder la extensión.

Imagina que el audio que oyes en el buzón de voz de tu móvil sea un wav... Pues es un wav, en la mayoría de las ocasiones, sólo que con una compresión específica. Así pues, es posible que el caso que tu explicas, se de el caso de que exista compresión... y tu no tengas el codec. Hagamos algo sencillo. Graba un pedacito de tu voz y expórtalo a wav. Luego prueba a abrirlo con el TMPGEnc DA.
Abre de nuevo el archivo en un editor de audio y grábalo cómo wav, pero con compresión MPEG a la calidad que prefieras. A ver que pasa... es que no uso TMPGEnc DA

Feliz Año nuevo