Tal como lei en el manual que esta disponible, este programa podria generar un Dolby Digital de 6 canales a partir de uno de dos canales???

Existe algun programa que junte dos .ac3 ??

*NO*, no se crea un Dolby Digital partiendo de uno de dos. Lo que se crea es un archivo Dolby Prologic II que envía el audio a 4 altavoces dando la sensación de "envolvente" pero no dispones de 4 canales separados. Es como oir audio mono en altavoces estéreo. El audio va a los dos altavoces pero por los dos altavoces se oye LO MISMO. Poniendo el típico ejemplo del coche uqe pasa de izquierda a derecha. En una tele estereo el canal izquierdo se oye más fuerte al principio y luego la intensidad va pasando al derecho. En mono ambos aumentarían o disminurían a la vez. Con el Dolby Prologic sucede algo parecido solo que en lugar de disponer de 2 canales dispondremos de 4 (pero con "casi" el mismo audio en todos)

No conozco herramientas que hagan eso. En el "peor" de los casos podrías extraer el audio a WAV de 6 canales, unir los dos y luego codificar de nuevo a AC3 con el Sonic Foundry Dolby Digital