Cuando genero un proyecto m2v, en qué se diferencia a otro mpeg2 y ¿qué puedo hacer con él en que programa?
PD: estoy llenando el foro de preguntas, espero que en un tiempo lo haga de respuestas

Cuando generas un m2v quiere decir que tienes el archivo ya comprimido para poder crear una autoria de dvd es decir que mediante un programa especifico como el impression dvd pro puedes coger el archivo y grabarlo a dvd.

cuando generas un archivo asi, estas haciendo un archivo de sólo video, eso quiere decir que tendras que hacer el audio por separado, muchos programas de autoria te lo piden asi por si quieres ponerle otros idiomas a tus videos. el mpeg2 tiene audio y video juntos.

desde el punto de vista de la calidad ¿habrá alguna diferencia si hago un mpeg2 ó m2v y luego me los llevo a mydvd para acabar en un dvd casero?

No, la unica diferencia es que m2v es un stream solo de video, mientras que el mpg lleva el audio multiplexado, pero el video en sí es el mismo.