Primero que todo lo siento de antemano si este post ya estaba hecho pero realmente estoy un poco apurado y no tuve tiempo de leer,.. el caso es que exporté en formato DVD con mi Premiere Pro CS3, y salió el audio y el video por separado, por lo que estuve leyendo es totalmente normal (creo), solo que no se que hacer despues si quiero hacer un DVD.. espero una respuesta.

En el programa donde vayas a realizar la autoría para el DVD, carga los archivos de Video y su Audio (normalmente, al cargar el vídeo se cargará también el audio).
Saludos.

Marca la casilla de "Multplexar para DVD".

En este tutorial verás cómo:
https://videoedicion.org/foro/index.php?topic=50588.0

Así generará un .mpg con el audio y video dentro

Un saludo.