Nada, he probado con la transparencia gradual, quitando la transición y siguen las manchas...qué desesperación!!
Lo que estoy observando es que en la previsualización no salen, únicamente cuando exporto el proyecto...puede ser algo que he puesto mal en la configuración??
Lo exporto a :
microsoft avi con compresor ligos indeo video 5.11
Square pixels(1.0), No fields

Siento mucho ser tan pesada...

PD: Acabo de probar fundiéndo desde un clip blanco y... perfect!! no se ven las manchas...aunque estéticamente quedaba mejor fundiendo desde negro.

No te preocupes, no eres pesada..
pero no se me ocurre por que puede pasar esto.
De todos modos puedo ayudarte a definir la plantilla (settings) de exportación.
Si el video es transferido desde camara DV, no tendrias que poner el pixel cuadrado (1.0) tendria que ser (1.066)..
Bueno lo importante es ver el origen del video y el destino del mismo.
Para decidir el formato y el compresor.
(cuando quieras me pasas informacion)
¿no se tratara de un video DivX?

He leido un poco por encima así que no sé si lo que diré ahora servirá. Según he visto utilizas la transición para hacer fundido a blanco, y fundido a negro.

Pues bien para hacer el fundido a negro también puedes poner el clip en una pista de vídeo superior y usar las opciones de transparencia/opacidad de la piusta de vídeo para hacer los fundidos (es recomendable tener un clip negro en la pista inmediatamente inferior). Lo comento porque es un a manera "manual" de hacer fundidos teniendo mucho más control sobre ellos

No me acuerdo en Premiere Pro como se activaba los tiradores de opacidad, pero aquí se explica (en inglés) como funciona:
http://www.mediacollege.com/video/editi ... e/opacity/

Hola de nuevo!
Zeros, he probado tu consejo y... nada, las manchas se siguen viendo durante el tiempo que dura el clip 1(al que he modificado la opacidad). No sé porqué se ve así...estoy pensando que esto es un expediente x, y me voy a dar por vencida.
De todas formas muxas gracias por contestar e intentar ayudarme.

David, estas son las propiedades del clip con el que trabajo (es   el único que utilizo para mi proyecto):

File Size: 7,38GB bytes
Total Duration: 0:34:49:19
Average Data Rate: 3,61MB per second
Image Size: 720 x 576
Pixel Depth: 24 bits
Frame Rate: 25,00 fps

Audio: 48000 Hz - 16 bit - Stereo

AVI File details:
Contains 1 video track(s) and 1 audio track(s).

Video track 1:
Total duration is 0:34:49:19
Size is 7,00GB bytes (average frame = 148,12KB bytes)
There are 52244 keyframes.
Frame rate is 25,00 fps
Frame size is 720 x 576
Depth is 24 bits.
Compressor: 'dvsd'

Audio track 1:
Size is 382,64MB bytes
Rate is 48000 samples/sec, stereo
Sample size is 16 bits
Interleave: 25 frame(s)
 
La cámara de la que he sacado el video ha sido una sony digital 8, creo que tb se llama dv, no? o mini-dv
Lo que intento es exportarlo a avi para poder visualizarlo en pc, aunque tampoco me importaría verlo en televisión; pero, sobretodo, lo que persigo es que tenga la mayor calidad posible. Así que... no sé si lo estaré haciendo bien.

Muchísimas gracias por ayudarme!!

Es una bonita y  gran iniciativa que se creen este tipo de foros de ayuda y transmisión de información y conocimientos.

Bueno, creo que lo tengo.
Esto es echarle mucha imaginación, pero:
El problema esta en el codec que pones para exportar el video.
No es que sea malo (el codec), pero seguro que no entraste en personalizar, para poner los parametros a tu gusto.
De  todos modos comienza por:
Inicia un nuevo projecto de Premiere, selecionando la plantilla (settings) Dv Pal Standard 48 Khz (creo recordar que se llama asi).
Ahora edita lo necesario.
Te recomiendo hacer pruebas de 30 segundos.
Una vez editado exporta.. cargando la plantilla (settings) Dv Pal Standard 48 Khz (la misma). para que el video solo este modificado en el contenido, no en las propiedades. Si el resultado es positivo, podras crear un video Mpeg para DVD desde la linea de tiempos. Si quieres mas información, solo pidelo.

Premiere es mi programa favorito, lo manejo desde hace muchos años. Incluso estuve enseñando a manejarlo, particularmente.Lo que pasa es que yo trabajo normalmente con unos codec distintos, pero para el caso es lo mismo.
SUERTE

Es que resulta que cuando inicio un nuevo proyecto con la plantilla Dv Pal Standard 48khz, aparece este cuadro: 

Premiere was unable to connect to the native Microsoft(TM)DV support on this machine. This setting was designed to only work with a OHCI IEEE1394 (Firewire, iLink)card with an approved Microsoft DV driver. If you have installed the driver included with your OCHCI 1394 (Firewire, iLink) card, please unistall those drivers, and use the install new hardware setting in the control panel to install the Microsoft (TM) drivers.
If you have installed another capture card, please use that card's custom project settings. If this was working, and you have just installed another application or a driver update, pleas unistall those.

Y cuando acepto el cuadro de diálogo sale este otro:
DV/IEEE 1394 Playback is not setup correctly. Playback performance will be impacted.

Creo que lo que dice es que me faltan los drivers de la tarjeta firewire u otros drivers...no sé, mi inglés es bastante pésimo, la verdad, y mis conocimientos de informática tb (Mi tarjeta firewire es Dazzle Dv editor).
A pesar de ello, he aceptado ambas llamadas de atención y he seguido los pasos que me indicaste en el mensaje anterior. Con esa plantilla he intentado exportar a Mpeg, mirando la opción en file type (export time line: movie: settings: general: file type) pero no aparece...supongo que será por todo lo anterior.
Por otro lado, he vuelto a exportar en avi y...las manchas persisten...Uffffffffffffff!!!!! lo mejor será que haga el fundido a blanco y así no mareo más.

Bueno puede ser una solución.
Pero de todos modos, te interesa exportar en formato DV (de microsoft)
Para futuros videos y para no perder calidad.
Lo que te pasa con ese compresor (codec) es que lo tienes configurado a pocos colores ó con mucha compresion, por lo que te salen los degradados con manchas. Y el fundido es un degradado y encima es oscuro.Por ahora puedes exportar en el codec (supongo que le tendras) MJPEG.
Este codec es muy bueno y tienes opciones de configurarlo para que tenga mas calidad.
Supongo que lo que te pasa, es que Windows no reconoce El Dazzle como un FireWire.Esperemos que algun usuario de Dazzle te pueda ayudar.
No te preocupes por ser pesada, aqui todos ayudan por que quieren.
SUERTE