Esto es un poco extraño de explicar para que se entienda  : tengo una animacion de fondo en un par de capas, por encima un logo vectorial compuesto por una masa y las letras del logo. Este logo proviene de un archivo vectorial con capas separadas (la masa y las letras las tengo en capas separadas ya en Illustrator CS6).

Lo que quiero hacer es que en un determinado momento, con un duplicado de la capa "masa" del logo, hacer que se vea a traves de ella a modo de "boquete" o "mirilla" y que convierta en transparente la zona que ocupe, independientemente de las capas que tenga por debajo (las 2 capas animadas de fondo que he comentado antes). Por eso lo de llamarla "boquete": es como si "perforara" todas las capas que tenga por debajo para que se cree una zona transparente con la forma de esta "masa".

El orden de las capas es:

1 -  Capa vectorial de "masa" del logo - Tiene que convertirse en un mate para todas las capas que tenga por debajo, a traves del cual se vean los "cuadraditos de tranparencia" de cuando no hay ninguna capa. A su alrededor (fuera del area que ocupa la masa/mate) seguira viendose el resto de area de las capas de animacion del fondo
2 -  Capa animacion de fondo 1
3 -  Capa animacion de fondo 2

Quiero exportar todo esto en secuencia .png en modo RGB+Alfa para que tenga transparencia y al meter la secuencia .png en Premiere, a traves del "boquete" se vean el video que tenga en el timeline de Premiere.

Muchas gracias por adelantado!! 

No se entiende bien no podrias poner algun grafico o algo explicativo?

No pasa nada, ya lo he arreglado yo mismo: el problema era que como por debajo tenia mas de 1 capa (y una de ellas 3D en modo Ray Trace), no podia hacer un mate alfa normal (eligiendo el valor apropiado en la columna "Mate Seguimiento").

He creado una secuencia nueva vacia, he anidado la secuencia que ya tenia hecha, y he colocado un duplicado de la "masa" del logo en el mismo lugar donde estaba en la secuencia original. Con solo esas 2 capas (la masa del logo y la secuencia original anidada), ya he podido hacer un "Mate Seguimiento" normal para que la masa del logo haga un boquete y sirva de viñeta a los videos que deben verse por debajo  .

Claro generalmente hay que precomponer todo lo que tenes en las capaz inferiores.