Ahora que sé cual es la técnica para hacer este efecto en versiones anteriores al CS6 he preferido hacerme con él para no complicarme la vida 
Pero parece ser que va a ser imposible, pues nada más acabar el análisis el plugin me dice lo siguiente:
"El tamaño de la capa debe coincidir con el de la composición y utilizar los valores de transformación predeterminados"
El caso es que aún ajustando la capa al tamaño de la composición mediante el menú de transformar, me sigue apareciendo lo mismo una y otra vez. A ver si tú o alguien sabe que puedo estar haciendo mal. ¿Alguna idea?

[mod]Modificado el Asunto para ponerlo acorde a lo planteado.[/mod]

El tamaño de la composicion es igual al del clip o capa a editar?
Ajusta la compo en ajustes de composicion y dale las mismas dimensuiones a ambas cosas.

El tamaño del plano/secuencia era, en un principio, mayor pero aún ajustando el tamaño a las propiedades de la composición daba el mismo problema. La única solución que he encontrado es hacer una exportación del trozo que nos interese, importarlo y crear una nueva composición a partir de ese video. Entonces no pone ninguna pega.
Claro que, la putada, es que perderá calidad con la exportación.