Un video progresivo no necesita desentrelazado (y si se le pone suele verse mal) pero mezclarlo con otro que sí que lo necesita y NO se ponga esa opción de desentrelazar pues me sale mal el otro. ¿Qué opción me aconsejáis para poder mezclarlos?

 No nos dices que editor de video utilizas, pues aunque la mayoría hacen todos lo mismo, pero a la hora de exportar el proceso final varían de unos a otros.
En mi caso te contesto:
Yo utilizo Premiere CS6 y el mezclado de clip progresivos con entrelazados en mi caso es muy habitual, yo genero un Proyecto basándome en la resolución a utilizar, me da lo mismo que sea "i" o "p" (entrelazado o progresivo) y a la hora de exportar es cuando tú le vas a decir como lo quieres uno te lo convertirá y el otro no por supuesto, y la verdad que yo no noto mucha diferencia, por supuesto yo siempre exporto en PROGRESIVO, la parte opuesta no sé cómo se comportaría.

Gracias por tu respuesta. Estaba hablando del Sony Vegas.

Hablando en general, mezclar progresivo con entrelazado no debería causarte ningún problema, como dice amblesmedia, y fíjate que él usa el sistema complejo: entrelazado a progresivo. Progresivo a entrelazado es de uso común; se utiliza para mezclar entrelazados con diferente orden de campos y cada vez que mezclamos fotos, que por lo general, son progresivas.

Sin información detallada de tu problema y datos de trabajo, es imposible opinar en detalle; pero repito que ese tipo de mezcla es de uso común.

Saludos.