No se en que opciones darle en personalizar plantilla, que es donde me imagino que debe estar el error...

cuando lo renderizo en mp4 va bien, pero al renderizarlo en mainconcept 1440 x 1080 25 Mbps se renderiza solo el video..., he probado en personalizar plantilla pero no estoy muy seguro de que opciones darle

El archivo de origen es avi 1440 x 1080

En la pestaña Audio debes marcar la opción Incluir corriente de Audio.

Si esto no funciona, lo mejor es que subas una imagen de la ventana de configuración del codec para que veamos como están definidos los parámetros.

Saludos