Bueno, solo queria daros las gracias por la ayuda, acabe usando freemaker, para preparar todos los videos y el resultado ha sido muy bueno! solo una pega, y es que hay uno q tiene un papadeo constante y no he sabido quitarlo..
Un saludo y me pongo el foro en favoritos !

Me alegro de que haya funcionado.
Imagino que el parpadeo estará en videos con frecuencias que no son múltiplos exactos del formato al que conviertes, (por ejemplo de 60 fps a 25 fps) y/o con grabaciones hechas con luz artificial.
Para esos videos conflictivos, revisa que estás exportando como desentrelazado, y prueba con las distintas opciones de mezcla de campos que hay en XMedia Recode, a ver si con alguna mejora.
Si no, hay una herramienta en un plugin de Boris para After Effects que lo puede corregir, pero meterse con él quizás sea matar moscas a cañonazos.

Saludos

Tratandose de Vegas igual se arregla desactivando la GPU o puede ser que tengas que deshabilitar el remuestreo si el video es 50p. Aunque no hemos visto la naturaleza del parpadeo, yo me inclinaría por esto último.

X.