Al realizar pequeños cortes y poner las marcas con Esc+M en ficheros con mas de 80MB me desaparece la primera marca de corte, ¿puede ser que al ser tan pequeño el corte, sony vegas no pueda procesarlo?, solo me ocurre en ficheros grandes.

Un saludo y gracias.

¿Puede ser que al estar tan cerca una de la otra, se superponga una encima de la otra en time line y no las veas? ¿Y que por eso te pase en los clip granades al ocupar éste toda la longitud del time line? Prueba a darle mas zoom al time line, (la barra azul de desplazaminto más corta) a ver si te aparecen las marcas perdidas.
Saludos