Hace un tiempo vi en un video de animación japonesa (anime) un efecto en el que tomaron la imagen de un personaje en movimiento y la pusieron encima de otra escena, por ejemplo en este video.


DD (blassreiter) amv


es del minuto 3:41 al 3:51


alguien podría decirme como se hace?

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La "forma" de hacerlo es fácil:
  -En una pista el vídeo de fondo.
  -Sobre una pista superior la escena con el personaje.
   --Sobre esta escena se recorta el personaje dejando el resto del fondo transparente.

Las "técnicas y herramientas" a utilizar para recortar el personaje pueden ser relativamente sencillas o muy, muy complejas. Dependerá de las condiciones de la escena donde se debe recortar y su dinamismo.
En tu ejemplo, al ser el personaje prácticamente estático, una opción puede ser obtener unas cuantas imágenes de varios fotogramas. Eliminarles el fondo con un editor de imágenes. Usar la imágenes para superponer el personaje.

Para escenas más complejas, se puede:

   
• Utilizar máscaras animadas (lento y minucioso).
• Utilizar la secuencia como máscara (si el contraste entre fondo y personaje lo permiten).
• Grabar el personaje en Croma.
• Rotoscopia de la secuencia.
• Etc.

Saludos.