Renderizalo en wav, mp3 genera segundos extras siempre, he tenido esos problemas para crear samples loopables para acid music.
Lo que me parece extraño son los 2 minutos de diferencia, ya tendria que haber generado un audio distorcionado, respecto al pitch o el tempo.

Sino quiere decir que hay algun evento en tu linea de tiempo que no ves. otra solucion sería que selecciones con el selector de loop la parte que quieres renderizar
y tildar renderizar solo area de loop.

Hola mi amigo, yo sufrí mucho con un problema parecido con la gtx1070, y es problema con los driver.
se nota que los chicos de nvidia, hacen ciertos cambios a cada version, que algunas veces van bien y otras mal con el mercury de premiere...

Te recomiendo bajes, versiones anteriores y vayas probando de una en una y hagas test de rendimiento para saber
cual es para tu tarjeta de video... El que me funcionó era la version 359

Suelo a renderizar en h264 en entrelazado y cero problemas...
uso el premiere cc2015