Para hacer las transiciones los "clips" deben tener "handles". Esa decision se prevee en el momento en el momento de la captura, en la "pestana "Setting". En el "Timeline" se puden crear "handles" recortando los clips (la cola del primero y la cabeza del segundo) con la herramienta "ripple". (Estoy suponiendo que usas Premiere Pro 1.5). Si por alguna razon el fade out (de la transicion disolvencia hacia negro en particular que tiende a no rederizar cuando se aplica a una secuencia anidada), puedes crearla usando Clip keyframes (con la herraamienta pluma). Perdona los anglicismos pero no conozco los terminos en castellano.