Prueba con el programa xvid4psp creo que tiene hasta la version 6 pero la 5 se maneja mejor (al menos para mi). Abre el video y a mano izquierda elige el formato (mkv, mp4, avi.... etc), en codificado de video elige copy y en audio elige el tipo de audio que mas te guste despues le das a codificar y listo